Iowa về đến Seattle, Washington vào ngày 15 tháng 10 năm 1945, và sau đó lên đường đi Long Beach, California, nơi nó tham gia các hoạt động huấn luyện cho đến khi quay trở lại Nhật Bản vào năm 1946, phục vụ như là soái hạm của Đệ Ngũ hạm đội. Con tàu quay trở về Hoa Kỳ vào ngày 25 tháng 3, tiếp tục vai trò của một tàu huấn luyện; và trong những hoạt động thực tập và huấn luyện thường lệ, nó còn đón lên tàu những học viên sĩ quan và nhân sự của Hải quân Dự bị Hoa Kỳ cho những chuyến đi thực tập.

Vào tháng 10, Iowa trải qua một lượt đại tu và hiện đại hóa, khi nó được bổ sung một dàn radar SK-2 và tháo dỡ bớt một số khẩu đội phòng không 20 mm và 40 mm. Đến tháng 7, sau khi chịu đựng cuộc thử nghiệm bom nguyên tử tại đảo san hô Bikini trong khuôn khổ Chiến dịch Crossroads, chiếc thiết giáp hạm cũ Nevada (BB-36) được chọn làm mục tiêu để thực hành tác xạ bắn đạn thật cho Iowa cùng các đơn vị hải quân và không quân khác. Nevada đã chịu đựng một loạt các kiểu đạn dược khác nhau từ Iowa và các tàu tuần dương và tàu khu trục khác, cho đến khi nó trúng một quả ngư lôi phóng từ máy bay phía giữa tàu, và đắm tại vị trí 65 mi (105 km) ngoài khơi Trân Châu Cảng vào ngày 31 tháng 7 năm 1948.[23][24]

Như một phần của kế hoạch cắt giảm lực lượng vũ trang sau Thế Chiến II, Iowa được cho ngừng hoạt động tại vào tháng 9 năm 1948, và chính thức xuất biên chế vào ngày 24 tháng 3 năm 1949 để đưa về Hạm đội Dự bị Thái Bình Dương.[11]